中国野葡萄新基因cDNA全长的克隆及序列分析

• 作者: 徐伟荣 徐炎 王跃进 贺明阳 赵伟
• 来源期刊: 西北植物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 中国野生葡萄 cDNA全长 RACE基因克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2007,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 878-884
• 页数: 7页
• 分类号: Q785|Q786
• 字数: 4404字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3321/j.issn:1000-4025.2007.05.004

摘要

根据对中国野生葡萄华东葡萄株系白河-35-1在白粉病诱导下构建的cDNA文库中获得的1条EST序列设计特异引物,以总RNA逆转录产物为模板,进行SMART-RACE扩增.结合生物信息学方法对所获的序列进行开放阅读框、序列同源性分析,并预测了蛋白质的理化性质、信号肽、酶与非酶分析、亚细胞定位以及蛋白质二级结构.结果表明,获得的中国野生葡萄新基因的全长序列为854 bp,其开放阅读框为585 bp,5'非编码区为107 bp,3'非编码区为162 bp;同源性比对表明该新基因推导的氨基酸序列与拟南芥RNA结合蛋白和水稻推定的半乳糖基转移酶的同源性分别为55%和63%,第8～82位氨基酸序列与RNA识别基序相类似,是一个典型的结构功能域;推导该基因表达产物为相对分子质量为21 801.27、等电点为6.86的不稳定蛋白,定位于细胞核,不包含信号肽,二级结构主要是无规则卷曲.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐炎	西北农林科技大学园艺学院	21	359	9.0	18.0
2	贺明阳	西北农林科技大学园艺学院	3	44	3.0	3.0
3	徐伟荣	西北农林科技大学园艺学院	6	42	4.0	6.0
4	赵伟	西北农林科技大学园艺学院	13	106	6.0	10.0