利用基因芯片分析RNA干扰PNAS-2后凋亡相关基因表达的变化

• 作者: 欧阳仁荣 王海嵘 肖菲 钟华 陈芳源 韩洁英
• 来源期刊: 诊断学理论与实践
• 学科: 医学
• 关键词: 基因芯片 RNA干扰 PNAS-2 细胞凋亡
• 年，卷（期）: 2007,（2）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 137-142
• 页数: 6页
• 分类号: R733.71
• 字数: 4340字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-2870.2007.02.012

摘要

目的:采用基因芯片技术,比较RNA干扰法封闭U937细胞中PNAS-2基因前后,与凋亡有关基因的变化情况,从而了解PNAS-2在凋亡通路中的可能定位.方法:将急性单核细胞白血病细胞株U937分别转染已构建的靶向封闭PNAS-2的干扰质粒组和对照质粒组,合并使用流式细胞仪(FCM)筛选出GFP阳性细胞,并运用半定量PCR及实时PCR方法验证RNAi效果.采用affymetrix u133A 2.0基因芯片技术比较2组细胞间基因表达的差异.进一步通过半定量RT-PCR对其中的2条上调基因(IER3、CCL2)和6条下调基因(CASP8、CD74、VEGF、DNASE2、PRTN3、TERT)的表达情况进行验证.结果:半定量及实时PCR检测结果表明,合并使用G418及FCM筛选后得到的转染细胞在90%以上,干扰质粒组对PNAS-2的抑制率达到70%以上;基因芯片筛选结果提示共有1 651条出现上调,1 404条出现下调.其中比值≥2倍的基因共有336条,上调114条,下调222条.根据功能分类初步筛选出与凋亡相关基因共22条,上调基因11条,下调基因11条.RT-PCR检测证实基因芯片结果可靠.结论:抑制PNAS-2表达后促进U937细胞凋亡的机制可能与c-Jun过表达、JNK通路的激活及VEGF基因下调有关.