利用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物、酶4种因素3个水平上对石榴RAPD反应体系进行优化,确立了适合石榴RAPD反应体系:在25μl反应体系中,含1×PCR buffer、2.5 mmol/L MgCl2、200μmol/L dNTP、0.2 μmol/L引物、50 ng模板DNA、0.5 U Tap DNA聚合酶.通过梯度PCR测验,确定了适宜的退火温度37℃.利用优化的RAPD反应体系对11个石榴品种进行亲缘关系分析,结果表明,11个品种之间的多态性比较高,变异大.聚类图结果表明,11个品种被明显分为临选1号、净皮甜、新大甜、临选14号;大粒三白甜、大青皮酸、小红皮酸、白花、江石榴、薄皮糙、玉石籽两个类群.因此,这一优化体系适合于石榴品种间的亲缘关系鉴定.