电离辐射影响人成纤维细胞基因表达谱的数据挖掘

• 作者: 左长清 廖之君 梁爽 郑文岭 陈霞 马文丽
• 来源期刊: 热带医学杂志
• 学科: 生物学
• 关键词: 电离辐射 人成纤维细胞 基因表达谱 数据挖掘 文献挖掘
• 年，卷（期）: 2008,（3）
• 所属期刊栏目: 硕博专栏论著
• 页码范围: 212-216
• 页数: 5页
• 分类号: Q786
• 字数: 4018字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-3619.2008.03.007

摘要

目的 从基因表达谱水平探讨2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点的可能交互效应,掘其差异表达基因.方法 应用GeneSifter在线软件和Panther生物学信息数据库,对下载于NCBI的GEO(Gene Expression Omnibus)数据库的12个样品GSM(数据包含2株成纤维细胞和每株细胞3个辐照时间点),运用混合设计二因子的Two-Way ANOVA方法进行数据挖掘,并对差异表达基因进行聚类、主成分分析、模式分类、功能归类分析,最后用GenCLiP软件进行文献挖掘.结果 获得41条交互效应的差异表达基因,主成分分析示每株细胞24 h时间点的特征向量明显远离其他向量,差异基因表达可分为3种模式.基因功能归类分析提示,多个生物通路如有丝分裂、细胞周期、细胞结构、细胞凋亡等被显著激活,其中参与有丝分裂和细胞周期的差异表达基因由细胞骨架基因、微管运动基因、蛋白激酶基因等构成,细胞凋亡等效应获得文献支持.结论 2株人成纤维细胞和低剂量电离辐射3个时间点有交互效应,存在基因差异表达,这些基因有可能成为鉴定成纤维细胞和辐照时间交互效应的生物标记.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	马文丽	南方医科大学基因工程研究所	275	1255	15.0	23.0
2	郑文岭	南方医科大学基因工程研究所	121	603	11.0	20.0
6	廖之君	南方医科大学基因工程研究所	10	33	4.0	5.0
10	梁爽	南方医科大学基因工程研究所	18	75	5.0	7.0
11	左长清	南方医科大学基因工程研究所	4	5	1.0	2.0
12	陈霞	南方医科大学基因工程研究所	18	62	4.0	7.0