橡胶林土壤宏基因组文库的构建及分析

• 作者: 余贤美 周亚奎 贺春萍 郑服丛 陈旭玉
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 土壤微生物 宏基因组文库 序列分析
• 年，卷（期）: 2008,（5）
• 所属期刊栏目: 生物技术应用与组织培养
• 页码范围: 605-609
• 页数: 5页
• 分类号: S154.3|Q785
• 字数: 3054字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2008.05.014

摘要

构建包含了7 680个克隆子的橡胶林土壤宏基因组文库,76.2%的质粒含有外源DNA,插入片段的平均大小约为4.3 kb,DNA文库的容量约为32.25 MB.随机挑取20个克隆子进行测序,NCBI的Blastx分析结果发现,3号与不能培养的微牛物(Candidatus Kuenenia)有一定的同源性.5号与Rickettsiella grylli的同源性达83%,可以初步推断其功能为吡哆醛生物合成裂解酶Pdxs.11号和16号与分类地位尚未确定的细菌(Solibacter)有同源性,随机测序的这20个序列中,部分序列除与裂解酶、蛋白酶、激酶等蛋白有一定的同源性外,有5个与功能尚不清楚的蛋白有一定的同源性,其中13号与假定蛋白pEA 28_O1的同源性达100%.