结合宏基因组末端随机测序和16S rDNA技术分析温室黄瓜根围土壤细菌多样性

• 作者: 刘二明 杨宇红 罗坤 茆振川 谢丙炎 赵志祥 陈国华
• 来源期刊: 生态学报
• 关键词: 土壤细菌多样性 末端测序 16S rRNA基因克隆文库 宏基因组文库
• 年，卷（期）: 2010,（14）
• 页码范围: 3849-3857
• 分类号: S6
• 语种: 中文

摘要

土壤细菌在温室土壤环境中具有十分重要的生态功能,与温室作物以及微生物内部存在互作关系.研究土壤细菌的群落结构组成,有助于了解土地利用变化与生态环境效应之间的关系.结合 16S rRNA基因克隆文库和宏基因组末端测序对温室黄瓜根围土壤细菌的多样性进行了分析.在16S文库中,根据97%的序列相似性水平划分OTU,共有35个OTU,其中优势菌群是γ-Proteobacteria,其次为Firmicutes,Bacillus为优势细菌.在纲分类水平上,16S文库和宏基因组末端测序结果均包含γ-Proteobacteria、α-Proteobacteria、δ-Proteobacteria、β-Proteobacteria、Actinomycetales和Firmicutes,各纲比例有差别;在优势种群属水平上,末端测序的结果包含的属多于16S文库(40>35);在优势细菌种类上,两者反映的结果一致,均为Bacillus.但是,宏基因组末端测序包含了大多数的弱势种群,更能反映细菌多样性的真实水平.与露地土壤细菌16S文库相比较,土壤细菌多样性降低,这可能与温室多年连作,种植蔬菜种类单一直接相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘二明	湖南农业大学生物安全科技学院	51	670	15.0	23.0
2	杨宇红	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	89	1367	22.0	32.0
3	谢丙炎	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	175	3639	30.0	51.0
4	罗坤	湖南农业大学生物安全科技学院	26	153	7.0	12.0
5	赵志祥	湖南农业大学生物安全科技学院	10	82	5.0	9.0
9	茆振川	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	40	564	12.0	22.0
10	陈国华	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	50	267	10.0	12.0