猪链球菌2型98HAH33株脂蛋白的in silico方法鉴定

• 作者: 孙理云 毛薇 王利巧
• 来源期刊: 河南科技大学学报(自然科学版)
• 学科: 生物学
• 关键词: 猪链球菌2型 脂蛋白 生物信息学 毒力因子
• 年，卷（期）: 2008,（5）
• 所属期刊栏目: 农业与生物科学
• 页码范围: 61-65
• 页数: 5页
• 分类号: Q816
• 字数: 4015字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-6871.2008.05.017

摘要

为鉴别已公布基因组序列的SS2 98HAH33株的脂蛋白,以研究脂蛋白在SS2致病过程中的作用,首先利用PrositeScan和DOLOP脂蛋白预测软件预测98HAH33株的脂蛋白,采用SignalP 3.0 HMM,PrediSi,Phobius和LipoP-HMM分析预测的脂蛋白的信号肽,然后经"多数票决法"鉴定脂蛋白,最后利用InterProScan和BlastP服务器对鉴定的脂蛋白进行功能分析.结果鉴定出31种脂蛋白,占SS2致病株98HAH33蛋白质组的1.465%.功能分析结果表明,共有16种脂蛋白是ABC转运体的底物结合蛋白(SBP),9种SBP基因与其相应通透酶和ATPase基因组成完整ABC转运体的操纵子,参与氨基酸、金属离子、核苷、无机盐等的运输;7种具有与数据库酶域相匹配或经BlastP比对与其他酶有一致性;5种为假定的蛋白;3种脂蛋白具有其他功能.这些资料提示脂蛋白在SS2的生理和致病性方面具有重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	毛薇		13	73	6.0	8.0
2	王利巧	河南科技大学现代教育技术与信息中心	12	25	2.0	4.0
3	孙理云	河南科技大学动物科技学院	10	15	3.0	3.0