用生物信息学方法预测2型猪链球菌98HAH33细胞壁结合蛋白

• 作者: 孙理云
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: 细胞壁结合蛋白 猪链球菌2型 生物信息学 毒力因子
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 实验研究
• 页码范围: 72-75,80
• 页数: 5页
• 分类号: R378
• 字数: 3541字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2010.01.018

摘要

目的 为预测已公布基因组序列的2型猪链球菌(SS2)98HAH33株的细胞壁结合蛋白,以研究它们在SS2致病过程中的作用.方法 首先从GenBank获取由SS2 8HAH33基因组推测蛋白质氨基酸序列, 然后根据分选酶底物的结构特征,采用"三部分模式"法鉴别分选酶底物;采用手动方法寻找在具有I型信号肽的蛋白质中具有LysM域、WxL域、胆碱结合域、GW域或S层同源域的蛋白质;利用InterProScan和BlastP服务器,对鉴定的蛋白质进行功能分析.结果 共预测出9种分选酶底物,2种具有LysM域的蛋白. YP_001201232、YP_001201531和YP_001201656等3种已证实位于SS2菌体表面;其中YP_001201232为已知毒力因子OSF.另外4种蛋白质的功能分析表明,YP_001201484为糖苷酶,YP_001201544为枯草杆菌素样丝氨酸酶,YP_001199825和YP_001199755可能结合H因子,可能为新的毒力因子. YP_001200959、和YP_001201233 等2种功能未知.结论 提示SS2的多数分选酶底物可能为SS2的毒力因子,与致病过程相关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙理云	河南科技大学动物科技学院	10	15	3.0	3.0