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Oligo基因芯片的异常值处理对有监督疾病分类的影响
Oligo基因芯片的异常值处理对有监督疾病分类的影响
作者:
于梁梁
吕莹丽
朱晶
李彦辉
王晨光
王栋
郭政
基本信息来源于合作网站,原文需代理用户跳转至来源网站获取
基因表达谱
异常值分类
功能表达谱
摘要:
基因芯片实验产生的表达谱数据中存在大量不合格的检测点,对异常值的不同处理,对于有监督疾病分类结果的影响很大.针对此问题,在Oligo芯片数据中,在表达水平层面,通常对检测值做最大值和最小值的预处理后,进行后续分析.本研究选取了四套Oligo芯片数据集,采用不同限定芯片数据中最大值和最小值的方法,考察支持向量机、K近邻、决策树三种分类器对分类疾病样本效能的影响程度.结果 显示:Dudoit等限定最大值和最小值分别为16000和100是一种合理的策略,可以达到很好的分类效果.同时发现对于小于100的检测值较多的数据集,采用限定最小值为10的策略同样能得到很好的分类效果,并可以为后续分析保留更多的原始数据.因此,合理限制Oligo芯片中的异常值,对于提高疾病分型是一种较好的策略.进一步采用功能表达谱方法,构造反映功能结点中全部注释基因的总体表达状态的均值或中值指标,利用构建的功能表达谱进行分类分析.发现不同异常值的限定方法对基于功能表达谱进行分类得到的准确率的影响较小,可以获得较稳定的分类结果.
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文献信息
篇名
Oligo基因芯片的异常值处理对有监督疾病分类的影响
来源期刊
中国生物医学工程学报
学科
医学
关键词
基因表达谱
异常值分类
功能表达谱
年,卷(期)
2008,(1)
所属期刊栏目
研究论文
研究方向
页码范围
69-75
页数
7页
分类号
R318.08
字数
5912字
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.0258-8021.2008.01.013
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
G指数
1
郭政
哈尔滨医科大学生物信息学系
43
323
11.0
16.0
3
王晨光
哈尔滨医科大学生物信息学系
6
12
2.0
3.0
4
王栋
哈尔滨医科大学生物信息学系
11
138
3.0
11.0
7
吕莹丽
哈尔滨医科大学生物信息学系
6
28
2.0
5.0
8
于梁梁
哈尔滨医科大学生物信息学系
2
1
1.0
1.0
9
李彦辉
哈尔滨医科大学生物信息学系
2
10
1.0
2.0
10
朱晶
哈尔滨医科大学生物信息学系
2
9
1.0
2.0
传播情况
被引次数趋势
(/次)
(/年)
引文网络
引文网络
二级参考文献
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共引文献
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节点文献
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同被引文献
(0)
二级引证文献
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1999(1)
参考文献(1)
二级参考文献(0)
2000(5)
参考文献(3)
二级参考文献(2)
2001(2)
参考文献(1)
二级参考文献(1)
2003(10)
参考文献(4)
二级参考文献(6)
2004(3)
参考文献(1)
二级参考文献(2)
2005(5)
参考文献(3)
二级参考文献(2)
2006(2)
参考文献(2)
二级参考文献(0)
2007(1)
参考文献(1)
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2008(0)
参考文献(0)
二级参考文献(0)
引证文献(0)
二级引证文献(0)
2018(1)
引证文献(1)
二级引证文献(0)
研究主题发展历程
节点文献
基因表达谱
异常值分类
功能表达谱
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
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期刊影响力
中国生物医学工程学报
主办单位:
中国生物医学工程学会
出版周期:
双月刊
ISSN:
0258-8021
CN:
11-2057/R
开本:
大16开
出版地:
北京东单三条9号
邮发代号:
82-73
创刊时间:
1982
语种:
chi
出版文献量(篇)
2755
总下载数(次)
5
总被引数(次)
22830
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:
the National Natural Science Foundation of China
官方网址:
http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:
青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:
数理科学
国家高技术研究发展计划(863计划)
英文译名:
The National High Technology Research and Development Program of China
官方网址:
http://www.863.org.cn
项目类型:
重点项目
学科类型:
信息技术
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