解耦联蛋白3(uncoupling protein 3,UCP3)是调节能量和脂肪代谢的重要因子.以商品猪(杂交猪)为对照,采用SSSCP方法对贵州地方猪品种糯谷猪和萝卜猪的UCP3基因进行了多态性分析.结果表明:3个猪群体中,都检测到了3种基因型(AA、BB、AB),X2独立性检验结果显示,3种基因型在3个群体间的分布不一致,糯谷猪和萝卜猪以AB基因型为主,杂交猪以BB基因型占优势,杂交猪与地方猪种之间的差异显著(P<0.01);对纯合基因型的UCP3基因片段进行克隆测序,证实从基因型中UCP3基因外显子6编码区第842位碱基发生了单碱基突变(T→C),导致编码的氨基酸从苏氨酸突变为甲硫氨酸.进一步分析3种基因型与胴体和肉质性状之间的相关性,证明AB基因型个体的肉质最优,贵州地方猪种的大理石纹、肌内脂肪含量和嫩度3项指标显著优于商品猪(P<0.01).因此推测UCP3基因与贵州地方猪种的肉质性状具有相关性,可能是贵州地方猪种肉质性状的候选基因.