嗜热木糖异构酶结构柔性与温度关系的分子动力学模拟

• 作者: 严明 欧阳平凯 蔡萍 许伟 许琳
• 来源期刊: 化学物理学报
• 关键词: 木糖异构酶 分子动力学 结构 柔性
• 年，卷（期）: 2009,（5）
• 页码范围: 467-472
• 页数: 6页
• 语种: 英文
• DOI: 10.1088/1674-0068/22/05/467-472

摘要

构建了嗜热栖热菌木糖异构酶与底物木糖的复合物模型,并运用NAMD2.5软件对其在300和360 K下进行了10 ns的分子动力学模拟.对该酶的回旋半径、亚基间相互作用及残基柔性进行了计算与统计分析,确定了该酶在360 K时柔性残基及区域.研究发现与300 K相比,360 K时木糖异构酶中B-因子增幅较大的残基主要可分为两组：一组位于催化结构域,是由残基55～80组成的helex-loop-helix区域,另一组位于其亚基界面上.研究表明高温下该酶催化结构域回旋半径增加,可能加速了活性中心的运动从而有利于D-木糖的异构化反应.在360 K时亚基界面上减少了8个氢键和5个离子对,这可能也是高温下其整体结构刚性下降并且活性升高的主要原因,该结果也对文献报道的该酶E372G突变体冷适应的实验现象进行了解释.研究结果揭示了嗜热栖热菌木糖异构酶温度和结构柔性之间的关系.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	欧阳平凯	南京工业大学材料化学工程国家重点实验室	194	2558	26.0	40.0
2	许伟	盐城工学院化学与生物工程学院	61	309	9.0	13.0
3	严明	南京工业大学材料化学工程国家重点实验室	56	226	9.0	11.0
4	许琳	南京工业大学材料化学工程国家重点实验室	60	216	8.0	10.0
5	蔡萍	南京工业大学材料化学工程国家重点实验室	3	6	2.0	2.0