基于MPI的基因芯片数据处理模型

• 作者: 白雅兰 袁道华
• 来源期刊: 计算机工程与设计
• 学科: 工学
• 关键词: 高性能计算(HPC) MPICH 基因芯片 cDNA微阵列 数据标准化 聚类分析
• 年，卷（期）: 2009,（10）
• 所属期刊栏目: 体系结构与外围设备
• 页码范围: 2419-2422,2427
• 页数: 5页
• 分类号: TP393
• 字数: 4608字
• 语种: 中文

摘要

介绍了高性能计算和基因芯片的基本概念,分析了基因芯片数据处理海量信息以及处理流程上适于采用并行算法的特点,根据当前生物信息软件普遍单机运行、处理时间长、效率低下的现状,提出了一种基于MPI并行计算方法的基因芯片数据处理模型.详细论述了该模型的运行环境、设计思想、系统结构、和功能模块,数学验证了其可行性,并对编码时使用的数据结构进行了简单介绍.最后,展示了系统运行的部分结果,与普通单机运行进行了运行性能的比较,并总结了并行运算下基因芯片数据处理的优点和问题.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	袁道华	四川大学计算机学院	35	367	10.0	18.0
2	白雅兰	四川大学计算机学院	2	3	1.0	1.0