我国部分地区HIV-1流行毒株亚型分布及gag基因变异特征研究

• 作者: 刘思扬 刘永健 庄道民 李敬云 李林 李韩平 王铮 赖章丽 陈立力 鲍作义
• 来源期刊: 军事医学科学院院刊
• 学科: 医学
• 关键词: 人类免疫缺陷病毒1型 gag基因 基因型 遗传变异
• 年，卷（期）: 2009,（6）
• 所属期刊栏目: 专题报道
• 页码范围: 505-508
• 页数: 4页
• 分类号: R512.91
• 字数: 3586字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-9960.2009.06.002

摘要

目的:分析我国4个地区的人免疫缺陷病毒1型(HIV-1)主要流行毒株的亚型分布,以及在宿主免疫压力下的基因变异和抗原表位的变化情况,初步探讨这些地区HIV-1 gag基因的分子进化特征.方法:从来自河南、广东、四川、北京的HIV-1感染者血浆样本中提取基因组RNA,经逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增部分gag基因,用扩增产物直接进行测序;使用Genotyping Tool软件进行亚型分析,使用MEGA 4.1软件绘制系统进化树;用Distance工具计算各个亚型序列的基因离散率;用SNAP程序分析同义替换率与非同义替换率的比值(Ks/Ka),并对各亚型中我国人群中较常见的HLA-Ⅰ型限制的CTL抗原表位的突变情况进行分析. 结果:这些地区HIV-1 主要流行毒株gag基因亚型主要是B'、CRF07_BC、CRF01_AE、B、CRF08_BC和CRF02_AG.各亚型内的基因离散率不同,由大到小排列为CRF01_AE>B>CRF08_BC>CRF07_BC>B',Ks/Ka为CRF01_AE>B>CRF08_BC> B'>CRF07_BC.p17区段的CTL抗原表位变异远大于p24区段.各个亚型共享序列中存在的突变位点由多到少排列为CRF01_AE>B>B'>CRF07_BC.结论:我国HIV-1流行毒株的gag基因序列中,CRF01_AE亚型受到的选择压力最大,基因离散率也最大,且CTL抗原表位的变异亦最大,其次是B和B'亚型,CRF07_BC亚型变异最小.各亚型间CTL抗原表位变异的差异明显.