2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析及同源性比对

• 来源期刊: 解放军医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 流感 人 流感病毒A型 H1N1亚型 进化 分子
• 年，卷（期）: 2009,（12）
• 所属期刊栏目: 甲型H1N1流感病素毒研究专题
• 页码范围: 1393-1397
• 页数: 5页
• 分类号: R511.7
• 语种: 中文

摘要

目的 分析2009年新型甲型H1N1流感爆发以来流感病毒的全基因组进化变异及重组情况.方法 从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流感病毒(A/H1N1)代表性全基因组序列,先用MEGA4.0软件对8个基因序列片段进行比对和拼接;然后将历史上流行的H1N1、H5N1、H3N2等不同宿主(人、禽、猪)的流感病毒全基因组序列用MEGA做比对拼接,并用NJ法构建进化树.采用Simplot 3.5.1软件分析2009年新型甲型H1N1流感病毒基因重组情况.结果 自2009年3月爆发新型甲型H1N1流感以来,截至9月,病毒基因没有出现变异,同源性为99.69%～99.93%.基因重组分析显示,新型甲型H1N1病毒株PIE、PBI、PA、HA、NP和NS基因来源于近年来北美地区猪源人H1N1,同源性分别为95.25%,95.08%,95.21%,93.52%,95.23%,94.78%;NA和MP与欧洲地区猪H1N1同源性较高,分别为90.21%,94.43%.全基因序列同源性分析发现2009年新型甲型H1N1流感病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为92.22%.结论 2009年新型甲型H1N1流感病毒是由2005年北美地区猪H1N1病毒与欧洲猪H1N1的NA和MP片段重排进化而成,新病毒暂未发生变异,H1N1新流感疫苗具有保护作用.