松材线虫伴生细菌宏基因组fosmid文库构建及特征分析

• 作者: 张祺玲 田雪亮 谢丙炎 谭周进 陈国华
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 农学
• 关键词: 松材线虫 伴生细菌 fosmid文库 宏基因组 多样性
• 年，卷（期）: 2010,（4）
• 页码范围: 381-387
• 分类号: S432.45
• 字数: 4627字
• 语种: 中文

摘要

松材线虫是松材线虫病的病原,且与其伴生细菌之间存在互作.为研究松材线虫和伴生细菌的互作关系,本研究用Nycodenz介质离心和SDS裂解法富集松材线虫的伴生细菌,以酚/氯仿抽提法提取DNA,构建了松材线虫伴生细菌fosmid宏基因组文库.文库克隆的插入片段大小分布在30～45 kb,平均长度为40 kb.该文库包含19 200个克隆,共计包含7 680 000 kb DNA.文库稳定性检测表明插入的DNA片段能够在fosmid质粒中稳定遗传,没有发现插入片段丢失或重排.随机挑选96个克隆进行末端测序,BLAST分析表明:该文库中松材线虫序列占5.2%,细菌序列占64.6%,无同源序列14.6%.对伴生细菌多样性分析表明:Stenotrophomonas为优势种群,Sphingomonas、Cupriavidus和Pseudomonas为次优势种群.该文库的建立为揭示松材线虫与其伴生细菌的互作关系及伴生细菌的生态功能奠定了基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	谢丙炎	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	175	3639	30.0	51.0
2	田雪亮	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	77	521	13.0	17.0
4	谭周进	湖南中医药大学基础医学院	185	1486	20.0	30.0
5	陈国华	中国农业科学院蔬菜花卉研究所	50	267	10.0	12.0
8	张祺玲	湖南农业大学生物安全科技学院	6	139	5.0	6.0