栉孔扇贝Fosmid文库的构建及基因组结构特征分析

• 作者: 包振民 张灿 张玲玲 王师 程洁 胡景杰 黄晓婷
• 来源期刊: 中国海洋大学学报(自然科学版)
• 学科: 农学
• 关键词: 栉孔扇贝 Chlamys farreri fosmid文库构建 序列分析
• 年，卷（期）: 2008,（1）
• 所属期刊栏目: 博士论坛文选
• 页码范围: 78-88
• 页数: 11页
• 分类号: S917|Q78
• 字数: 10285字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5174.2008.01.028

摘要

研究构建第一个栉孔扇贝的fosmid基因组文库,该文库包含133 851个克隆,插入片断平均长度为40 kb,覆盖栉孔扇贝基因组的4.3倍.栉孔扇贝DNA在fosmid传代中表现得较为稳定,没有发现插入片段的丢失或重排.所有的克隆进行了超级池和二级池的构建,并筛选了2个基因和7个微卫星,结果阳性克隆数介于2到8之间.由此可见,该文库可以很好的用于目的基因或标记的筛选,将有利于物理作图和基因的图位克隆研究.2 016个克隆进行双末端测序,获得3 646 条序列.序列总长2 286 986 bp,大约占栉孔扇贝基因组的1.84‰.共得到2 500条串连重复序列,其中微卫星序列371条,小卫星序列1 816条,卫星序列313条.共得到317条散布重复序列,总长97 412 bp,占测序总长的4.26%.查找到的散布重复序列共有4种类型:DNA 转座子、LTR 反转座子、LINE反转座子和滚环转座子,其中LINE反转座子的数目最多.BLAST比对共有1 383条序列与数据库现有的序列有明显的相似性(E＜e-5),占测序总数的37.93%.BLASTN比对有明显相似性的1 036条序列中,与nr数据库序列相似的有113条,与EST数据库序列相似的有923条.BLASTX比对有明显相似性的序列有347条,占序列总数的9.52%.