MetaGen:从KEGG建模代谢网络的新工具

• 作者: 周婷婷 容健锋 朱云平 王正华 贺福初 陈振冲
• 来源期刊: 生物化学与生物物理进展
• 学科: 生物学
• 关键词: 代谢网络 网络建模 KECA3 web服务 关系数据库
• 年，卷（期）: 2010,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 63-68
• 页数: 6页
• 分类号: Q61|Q591|Q811.4
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1206.2009.00464

摘要

为便于大规模代谢网络的计算,发展了一款方便实用的工具:MetaGen,对Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)中物种特异的各层次代谢系统进行建模,生成的代谢网络以酶图和通路图的方式表示.利用该工具,对人类代谢系统的bow-tie结构进行了初步研究,并以此为例展示了该工具广阔的应用前景.MetaGen利用KEGGweb服务保证建模数据的可靠性,依靠本地关系数据库加速网络建模过程并提供更多的数据管理和利用方式,并结合高级JAVA技术提高代码的可扩展性.MetaGen完全开源,可直接从http://bnct.sourceforge.net/下载.