VFA:一种可视化代谢网络建模工具

• 作者: 周宏 李恒 李毅 郑浩然 钮俊清
• 来源期刊: 北京生物医学工程
• 学科: 医学
• 关键词: 代谢网络 代谢通量 可视化建模 模型描述
• 年，卷（期）: 2008,（5）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 490-493,497
• 页数: 5页
• 分类号: R318.04
• 字数: 3590字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-3208.2008.05.011

摘要

数学建模是代谢工程研究的关键方法 之一.目前的代谢网络建模工具在构建代谢通量分析模型时,不能同时建立通量平衡分析(FBA)模型和<'13>C代谢通量分析(<'13>C-MFA)模型,而且大都采用私有格式描述代谢模型,不利于信息共享.为了解决上述问题,作者基于Cytoscape插件开发了一种可视化代谢通量建模工具VFA,它摆脱了繁琐、易出错的文本建模方式,提供友好的图形化用户界面、方便的可视化建模功能,并能够同时对代谢网络进行FBA和<'13>C-MFA建模.VFA的代谢模型描述格式扩展自系统生物学标记语言(SBML),且与后者完全兼容,有利于平台间的模型交换和共享.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	郑浩然	中国科学技术大学计算机科学与技术系	59	470	10.0	21.0
2	周宏	中国科学技术大学计算机科学与技术系	10	18	3.0	3.0
3	李毅	中国科学技术大学计算机科学与技术系	83	854	15.0	27.0
4	钮俊清	中国科学技术大学计算机科学与技术系	8	43	3.0	6.0
5	李恒	中国科学技术大学计算机科学与技术系	68	595	14.0	22.0