PDZK1和PDZK2结合特性的比较

• 作者: 李嫄 牟一 胡斯奇 邵晨 马素参 高友鹤
• 来源期刊: 基础医学与临床
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质相互作用 PDZ结构域 酵母双杂交 生物信息学
• 年，卷（期）: 2010,（7）
• 页码范围: 703-707
• 分类号: Q51|Q71
• 字数: 3131字
• 语种: 中文

摘要

目的 比较同一种属同一家族两种相近的简单接头蛋白PDZ结构域结合配体的特性. 方法 采用酵母双杂交筛选新型随机多肽文库联合高效验证筛选特定PDZ配体库,分别鉴定PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1结合线性多肽序列,分析发现两种PDZ结构域结合共有序列特性.通过生物信息学方法比对PDZ结构域,确定结构域中与配体相互接触面位点,进而详细比较这两个相似结构域结合特性的区别及其产生原因. 结果 分别获得PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1的结合特性,发现两者的共有序列分别可以归纳为-[S/T]-x-Φ和-[S/T]-[K/R/H]-[F/L],两个PDZ结构域间相互作用接触面位点大部分相似,主要差异表现在接触面位点比对中的37～45氨基酸序列,特别是42位氨基酸(F和H)差异较大. 结论 成功鉴定PDZK1-PDZ1和PDZK2-PDZ1结构域的结合特性,发现了这两个PDZ结构域及其结合配体特性的差异.