Arcobacter butzleri脂蛋白的in silico方法鉴定与功能分析

• 作者: 孙理云
• 来源期刊: 中国人兽共患病学报
• 学科: 医学
• 关键词: Arcobacter butzleri 脂蛋白 生物信息学分析 功能预测
• 年，卷（期）: 2010,（10）
• 页码范围: 974-978
• 分类号: R378
• 字数: 3540字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-2694.2010.10.023

摘要

目的 鉴别已公布基因组序列的Arcobacter butzleri RM4018株的脂蛋白(Lpp).方法 首先从GenBank获取由A. butzleri RM4018基因组推测的蛋白质氨基酸序列,然后利用Lpp预测软件PrositeScan和DOLOP预测05ZYH33株的Lpp,采用SignalP 3.0 HMM、PrediSi、Phobius、LipoP-HMM和TMHMM version 2.0分析预测的Lpp的信号肽,然后经"多数票决法"确定Lpp;最后利用InterProScan和BlastP服务器对鉴定的Lpp进行功能分析.结果 鉴定出54种Lpp,占A. butzleri蛋白质组的2.435%.经分析,约28种Lpp的脂蛋白盒基序为[F][ASTV][GA]C,约6种为[L][ASTV][GA]C.34种蛋白为假定蛋白,功能未知;YP_001489204、YP_001489480和YP_001491078等3种Lpp为酶类,YP_001489759、YP_001489957、YP_001491044、YP_001491046、YP_001491105和YP_001491107等6种与细菌的物质运输/药物抗性有关.YP_001489154是鞭毛成分;YP_001489112是补体结合蛋白,可能与细菌逃避宿主的免疫功能有关.结论 这些资料提示一些Lpp可能在A. butzleri RM4018的生理和致病性方面具有作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙理云	河南科技大学动物科技学院	10	15	3.0	3.0