HBV序列与耐药分析信息平台的初步建立

• 作者: 刘妍 庄永龙 徐东平 戴久增 李庆虹 李晓东 王业东 赵达生 郝玉清
• 来源期刊: 解放军医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肝炎病毒,乙型 抗药性 病毒 序列分析 数据库
• 年，卷（期）: 2010,（11）
• 页码范围: 1348-1350
• 分类号: R512.62
• 语种: 中文

摘要

目的 采用生物信息和网络信息技术建立一个带有临床资料和代表性克隆基因的多功能乙型肝炎病毒(HBV)序列数据库及HBV耐药分析平台.方法 平台的构建基于J2EE框架,支持Windows、Linux等操作系统,支持Oracle、Sqlserver、Mysql等数据库.整合了序列比对、进化分析、抗原表位分析、耐药变异分析和耐药分析等生物信息学功能.收录的HBV基因序列、克隆和相关临床信息来源于2007年7月-2009年6月解放军302医院诊治的6880例HBV感染患者.结果 初步建立了该信息平台并进行了应用.平台收录了本课题组检测分析的HBV全基因组序列516条,HBV反转录酶(RT)/S或前核心启动子/前C功能基因或调控序列11456条,代表性HBV基因组或基因克隆613条以及患者的临床资料,实现了HBV序列比对、基因型/亚型和血清型分型、s/C/P/X蛋白氨基酸序列预测、T细胞抗原表位分析、耐药分析、患者临床信息检索等功能.应用该数据平台分析我国大样本慢性HBV感染患者HBV耐药变异和基因型流行特点,表明功能实用可靠.结论 HBV序列和耐药分析信息平台的建立有助于充分利用我国患者的HBV序列和相关信息资源,服务于乙肝患者的临床耐药检测和HBV病毒学特性研究.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘妍	解放军302医院全军传染病研究所	13	95	6.0	9.0
2	赵达生	军事医学科学院科技部	9	73	3.0	8.0
3	郝玉清	解放军302医院全军传染病研究所	2	25	2.0	2.0
4	李庆虹	解放军302医院医务部	3	38	3.0	3.0
5	李晓东	解放军302医院全军传染病研究所	4	17	3.0	4.0
6	庄永龙		1	3	1.0	1.0
7	戴久增	解放军302医院全军传染病研究所	3	5	2.0	2.0
8	王业东	解放军302医院全军传染病研究所	1	3	1.0	1.0