染色质免疫沉淀试验中基因组DNA超声破碎条件优化策略

• 作者: 关善辉 李敏俐 陆祖宏
• 来源期刊: 生物技术通报
• 学科: 生物学
• 关键词: 超声 染色质免疫沉淀 基因组DNA ChIPSeq ChIP-chip
• 年，卷（期）: 2010,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 121-125,140
• 分类号: Q3
• 字数: 4442字
• 语种: 中文

摘要

染色质免疫沉淀试验中对共价交联的基因组染色质进行超声处理以获得适当大小的DNA片段是ChIPSeq和ChIP-chip成功的前提.影响基因组DNA破碎的因素很多,细胞浓度、细胞裂解方式、超声体积、探头深度、超声环境、超声时间和超声功率等都会对超声效果产生影响.如何获得各个可变参数的优化组合是一个需要多次摸索的过程,借鉴其它研究者已经建立的优化条件进行探索是一条比较省时简便的途径.本研究针对超声时间、细胞裂解方式、超声环境和超声功率等因素进行优化;利用优化的条件超声,得到适合大小的DNA片段;对这些片段进行染色质免疫沉淀试验,获得已知靶基因的特异性富集;证明超声优化条件是成功的.本研究提出的超声优化策略及获得的优化条件为后续ChIPSeq试验创造了前提条件,也对其他研究者具有借鉴意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	关善辉	山东省泰安市中心医院麻醉科	5	89	3.0	5.0
2	陆祖宏	东南大学生物电子学国家重点实验室	166	1602	19.0	33.0
3	李敏俐	东南大学生物电子学国家重点实验室	3	65	3.0	3.0