利用基因芯片技术筛选肝癌早期复发相关基因

• 作者: 区金锐 孙建 张绪超 简志祥 郑江华 金浩生 陈斯聪
• 来源期刊: 实用医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: 肝肿瘤 早期复发 基因芯片 差异表达基因 生物信息学
• 年，卷（期）: 2010,（24）
• 页码范围: 4461-4465
• 分类号: R73
• 字数: 4749字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1006-5725.2010.24.006

摘要

目的:利用基因芯片技术在全基因组范围内检测、比较早期复发和非早期复发肝癌患者肿瘤组织基因表达谱的差异,筛选与肝癌早期复发相关的敏感基因.方法:由本单位肝癌数据标本库中选择早期复发组(ER组)和非早期复发组(nER组)各10例患者进入本部分研究.提取总RNA并纯化,检验RNA质量,反转录得到cDNA,并合成生物素标记的cRNA.用Affymetrix Human Geome U133 plus 2.0基因表达谱芯片与待检测样本的cRNA杂交:利用Gene array Scanner3000 7G荧光激光扫描系统对芯片进行扫描,芯片扫描结果图像采用GCOS 1.2进行数据定量处理和分析,以芯片实验中检测到有表达的转录本为基础,采用SAM软件、以FDR≤20%的统计方法筛选出差异表达更显著的基因群,并以此基因群做两组样本的层次聚类分析和主成分分析,并进一步挖掘生物学信息.结果:经琼脂糖凝胶电泳检查RNA提取物的完整性证实待检样品RNA的质量可靠.两组样本间共有1646个基因表达存在差异(pvalue<0.05),利用SAM,FDR≤20%筛选出的41个探针作聚类分析和主成分分析,可将两组患者样本完整区分开来.根据差异表达基因的Ratio值,ER组较nER组表达上调>2倍的基因共有67个,其中有2个基因表达上调>4倍,13个基因表达上调>3倍,52个基因表达上调在2倍与3倍之间.ER组较nER组表达下调>2倍的基因共有66个,其中有7个基因表达下调>4倍,10个基因表达下调>3倍,49个基因表达下调在2倍与3倍之间.这些差异表达基因主要为细胞黏附运动相关基因、转录调节相关基因、细胞代谢相关基因、信号转导相关基因、细胞凋亡周期相关基因等等.结论:利用基因芯片技术筛选肝癌早期复发相关基因是可行的,并筛选到一组与肝癌旱期复发相关的差异表达基因.对这些基因功能的深入研究,将有望筛选到与肝癌早期复发密切相关的分子靶标,为肝癌的生物治疗提供新的靶点和思路.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张绪超	广东省医学科学院广东省人民医院医学研究中心	4	8	2.0	2.0
2	陈斯聪	广东省医学科学院广东省人民医院肝胆胰外科	2	11	2.0	2.0
3	简志祥	广东省医学科学院广东省人民医院肝胆胰外科	10	141	6.0	10.0
4	郑江华	广东省医学科学院广东省人民医院肝胆胰外科	4	82	4.0	4.0
5	区金锐		15	93	5.0	9.0
6	金浩生	广东省医学科学院广东省人民医院肝胆胰外科	5	19	3.0	4.0
7	孙建	广东省医学科学院广东省人民医院肝胆胰外科	4	52	3.0	4.0