稻瘟病菌ABC转运蛋白基因中SSR的分布及其功能预测

• 作者: 刘林 吴晗 徐玲 李成云 杨静 胡燕玲 苏源
• 来源期刊: 植物病理学报
• 学科: 农学
• 关键词: 稻瘟病菌 微卫星重复序列 ABC转运蛋白 蛋白二级结构
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: 细胞生物学、生理学、生物化学、分子生物学
• 页码范围: 371-378
• 分类号: S435.111.41
• 字数: 4537字
• 语种: 中文

摘要

ABC转运蛋白在真菌的致病性方面起着重要的作用.本研究查找和分析了稻瘟病菌基因组中47个ABC转运蛋白基因的外显子区、内含子区、5′-UTR和3′-UTR区中的SSR,并对编码区中SSR的扩张或收缩对蛋白结构的影响进行了预测.结果表明,SSR在这些基因的调控区和编码区分布不均一,且在基因的外显子区、内含子区、5′-UTR和3′-UTR区中SSR的组成和分布均不相同；基因的编码区中三碱基和六碱基SSR相对较多,SSR的基序大都表现为GC含量较高,编码的亲水性氨基酸出现频率远远高于疏水性氨基酸.根据稻瘟病菌自然群体中SSR的变化幅度,预测了SSR的扩张或收缩对蛋白二级结构的影响,发现SSR的扩张或收缩都可能对蛋白的结构产生影响.暗示着SSR的变异在致病相关基因的变异中可能扮演着重要角色.