马铃薯晚疫病菌全基因组分泌蛋白的初步分析

• 作者: 丁玉梅 侯思名 周晓罡 孙茂林 张绍松 陈铎文 陶南
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 晚疫病菌 信号肽 分泌蛋白
• 年，卷（期）: 2011,（7）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 785-793
• 页数: 9页
• 字数: 6747字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2011.00785

摘要

利用马铃薯晚疫病菌全基因组测序结果,结合计算机技术和生物信息学的方法,对马铃薯晚疫病菌的蛋白进行分析,为明确该病原菌与寄主互作的分子机制奠定基础.文章应用信号肽预测软件SignaIP v3.0和PSORT,跨膜螺旋结构预测软件TMHMM-2.0和THUMBUP,GPI锚定位点预测软件big-PI Predictor,亚细胞器中蛋白定位分布预测软件TargetP v1.01,对已经公布的马铃薯晚疫病菌全基因组22 658个蛋白质氨基酸序列进行分析.结果发现,晚疫病菌全基因组编码蛋白中有671个为潜在的分泌型蛋白,占编码蛋白总数的3.0%.其中有45个分泌蛋白有功能方面的描述,其功能涉及细胞代谢、信号转导等方面;此外,还有一些与激发子类似的分泌蛋白,它们可能与晚疫病菌的毒性有关.