焦磷酸测序技术在确证猪甲型H1N1流感病毒中的应用

• 作者: 凌宗帅 孙涛 岳志芹 张太翔 徐彪 朱来华 梁成珠
• 来源期刊: 中国动物检疫
• 学科: 农学
• 关键词: 猪甲型H1N1流感病毒 序列比对 焦磷酸测序
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 48-52,58
• 分类号: S852.659.2|S858.28
• 字数: 4189字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1005-944X.2011.04.022

摘要

目的本研究旨在通过对猪甲型H1N1流感病毒进行序列信息分析的基础上,利用焦磷酸测序技术建立一种快速、简单地确证猪甲型H1N1流感病毒的方法.方法通过序列信息比对,设计H1HA和N1NA基因保守区段的扩增引物及测序引物.从感染猪甲型H1N1病毒的鸡胚尿囊液中提取病毒RNA,RT-PCR扩增目的基因片段,采用焦磷酸测序技术(PSQ)针对HA基因和NA基因进行保守核苷酸区段的测序分析.利用扩增引物与其他猪源病毒进行特异性试验,利用测序引物进行重复性试验.将该方法与病毒分离和荧光定量RT-PCR方法做临床样品的平行检测,并比较结果.结果通过序列信息比对寻找到表征H1N1亚型的核苷酸保守区段,经焦磷酸测序后能进一步确证毒株的序列信息为猪甲型H1N1流感病毒.特异性试验表明,不与其他猪源病毒发生交叉反应;重复性试验表明,重现性为100%.对221份临床样品检测表明,病毒分离鉴定与焦磷酸测序方法结果符合率为96.8%,与TaqMan荧光定量方法检测结果符合率90.3%.经统计学分析,焦磷酸测序确证与病毒分离鉴定在检测临床样品上,两者差异不显著.结论基于序列分析的焦磷酸测序技术可以作为进一步确证方法使用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	梁成珠		84	406	10.0	15.0
2	徐彪		32	150	7.0	11.0
3	岳志芹		54	250	9.0	13.0
4	张太翔		28	97	6.0	8.0
5	凌宗帅		27	132	8.0	9.0
6	朱来华		28	119	8.0	9.0
7	孙涛		42	116	7.0	8.0