H9N2亚型猪流感病毒血凝素基因的克隆、序列分析及生物信息学预测

• 作者: 利凯 崔红玉 张瑞华 徐彤 徐明举 李寸欣 王存连 魏东
• 来源期刊: 畜牧与兽医
• 学科: 农学
• 关键词: 血凝素 序列分析 二级结构 B细胞表位
• 年，卷（期）: 2011,（8）
• 所属期刊栏目: 兽医科技
• 页码范围: 56-59
• 分类号: S852.65
• 字数: 3080字
• 语种: 中文

摘要

对猪流感A/swine/HeBei/012/2008/ (H9N2)分离株血凝素(HA)基因进行了克隆和序列测定,与GenBank中收录的相关序列进行了比对并绘制了系统发育进化树.采用生物信息软件和互联网服务器,预测HA的二级结构,分析其表面特性(亲水性、柔韧性、可及性和抗原性),综合预测HA的B细胞抗原表位.结果显示:HA蛋白含有6个糖基化位点,剪切位点序列为PARSSR GLF,为低致病性流感病毒的裂解位点.HA基因核苷酸序列和推导的氨基酸的同源性与A/chicken/Hebei/4/2008 (H9N2)最高,均为99％.HA基因进化树显示分离毒株与A/chicken/Hebei/4/2008 (H9N2)位于同一分支,具有较近的亲缘关系；由此推测分离株可能是由A/chicken/Hebei/4/2008 (H9N2)而来,在跨物种传播的过程中发生了部分变异.生物信息学预测结果表明:HA蛋白肽链的24-31、167-179、190-196、266-273和487-508区段为预测的B细胞表位优势区.