利用GenBank中大量葡萄EST序列分离有效基因的电子表达分析平台

• 作者: 上官凌飞 宋长年 房经贵 李晓颖 王晨 王西成
• 来源期刊: 中国农业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 葡萄 电子表达分析 表达序列标签(EST) 生物信息学
• 年，卷（期）: 2011,（13）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 2748-2759
• 分类号: S663.1
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.13.013

摘要

[目的]充分利用GenBank上的大量葡萄EST序列,建立本地化基因电子表达分析平台,实现基因表达模式的大规模快速分析.[方法]利用生物信息学方法对GenBank上的362193条葡萄EST序列进行本地化及后续处理,建立电子分析平台,并通过RT-PCR技术对其电子分析准确性进行验证.[结果]建立了包含叶、花等11个组织类别和GA<,3>等5个胁迫类型的基因电子表达分析平台.通过VvAG,VvCHS,VvF3H,VvLDOX等4个葡萄基因的RT-PCR和电子表达分析结果比较发现,平台预测效率较高,在预测EST来源数较多的果实、花序、花组织的表达效果较好,而对叶等EST来源较少的组织的预测效果需结合试验判断.随着dbEST库中源于葡萄各组织EST序列数量的大量增加,平台的预测效果将更加符合基因表达的实际情况.[结论]葡萄基因电子表达分析平台预测效率较高,为葡萄基因大规模快速表达分析以及重要相关信息的挖掘提供了很好的分析工具.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	上官凌飞	南京农业大学园艺学院	37	426	13.0	20.0
2	房经贵	南京农业大学园艺学院	194	3087	29.0	47.0
3	王西成	南京农业大学园艺学院	14	170	8.0	13.0
4	宋长年	南京农业大学园艺学院	40	502	16.0	21.0
5	李晓颖	南京农业大学园艺学院	15	192	7.0	13.0
6	王晨	南京农业大学园艺学院	69	628	15.0	22.0