基于BLAST的数据清洗与质量控制方案

• 作者: 刘勇 刘奇 周园春 孟珍 杲艳平 林小光 董慧 黎建辉
• 来源期刊: 计算机工程
• 学科: 工学
• 关键词: 序列比对 数据清洗 基本局部比对搜索工具 陆地植物系统发育平台
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: ·软件技术与数据库·
• 页码范围: 73-75
• 分类号: TP393
• 字数: 2916字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-3428.2011.04.026

摘要

研究基本局部比对搜索工具(BLAST)在陆地植物系统发育平台中的应用.数据清洗疗面结合基于基因注释的数据抽提与基于BLAST的相似性比对抽提,提取过滤相关的序列信息,控制序列质量,并剔除原始基因注释错误的序列.自测序列质量控制方面结合基于blastn的打分比对和基于blastp的模板比对,报告序列整体质量,控制污染序列和假基因的入库.