肿瘤蛋白MDMX与抑制剂PMI作用机制的分子动力学研究

• 作者: 伊长虹 李洪云 梁志强 王伟 王克彦 程伟渊 陈建中
• 来源期刊: 计算生物学
• 学科: 医学
• 关键词: p53-MDMX相互作用 分子动力学 MM-PBSA 结合自由能
• 年，卷（期）: jsswx_2012,（3）
• 页码范围: 27-33
• 页数: 7页
• 分类号: R73

摘要

恢复抑癌蛋白p53的功能已经成为一种治疗癌症的新途径。本文采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了抑制剂PMI与肿瘤蛋白MDMX的结合自由能。结果表明范德华相互作用驱动了PMI与MDMX的结合。同时也使用基于残基对的自由能分解方法计算了残基–残基相互作用,结果不仅表明PMI的5个残基能与MDMX产生强烈的相互作用,而且也表明CH-CH,CH-π,π-π相互作用主导了PMI在MDMX疏水性裂缝中的结合。我们期望这个研究能为抑制p53-MDMX相互作用药物的研发提供理论上的启示。