分子动力学研究抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制

• 作者: 张少龙 张庆刚 时术华
• 来源期刊: 原子与分子物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 分子动力学 结合自由能 HIV-1蛋白酶 MM-PBSA
• 年，卷（期）: 2015,（5）
• 所属期刊栏目: 原子分子物理交叉学科
• 页码范围: 885-890
• 页数: 6页
• 分类号: Q641.12
• 字数: 3676字
• 语种: 中文
• DOI: 103969/j.issn.1000-0364.2015.10.028

摘要

采用分子动力学模拟和结合自由能计算研究了抑制剂APV与HIV-1蛋白酶的作用机制．研究结果表明范德瓦尔斯作用主控了APV与HIV-1蛋白酶的结合．采用基于残基的自由能分解方法计算了抑制剂-残基相互作用,结果表明9个残基Gly27、Ile32、Val47、Ile50、Ile84、Ala28′、Gly49′、Ile50′和Arg87′与APV产生了大于1．0 kcal/mol的强相互作用,而且证明CH-π,CH-O相互作用和极性作用是其结合的主要形式．期待该结果可以为以HIV-1蛋白酶为靶标的抗艾滋病药物设计提供理论上的指导．

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	时术华	山东建筑大学理学院	15	22	2.0	3.0
2	张庆刚	山东师范大学物理与电子科学学院	71	240	8.0	11.0
3	张少龙	山东师范大学物理与电子科学学院	29	118	6.0	9.0