RT-SHIV rt基因单拷贝PCR扩增方法的建立及初步应用

• 作者: 丛喆 姚南 杜文达 王卫 苏爱华 陈霆 鞠斌 高锡强 魏强
• 来源期刊: 中国比较医学杂志
• 学科: 医学
• 关键词: RT-SHIV 单拷贝PCR rt基因
• 年，卷（期）: 2012,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 37-42
• 分类号: R33
• 字数: 3296字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-7856.2012.010.009

摘要

目的 建立RT-SHIV病毒全长rt基因单拷贝PCR扩增方法,用于HIV-1 rt基因体内遗传与变异研究.方法 Oligo软件设计RT-SHIV rt基因特异性扩增引物,梯度稀释方法进行特异性和灵敏度筛选,进而优化退火温度和PCR反应最佳循环数等条件,建立rt基因PCR扩增方法;在此基础上将模板进行有限稀释,摸索rt基因单拷贝PCR扩增条件;使用该方法扩增感染猴体内RT-SHIV病毒rt基因,BioEdit软件进行基因序列分析.结果 筛选得到一组巢式PCR引物,成功建立了RT-SHIV rt基因PCR扩增方法;当模板浓度为100 copies/μL时,扩增产物为单拷贝序列;测序结果显示RT-SHIV感染猴d266和d294血浆样本分别存在1处和6处氨基酸突变.结论 本研究建立的全长rt基因单拷贝PCR扩增方法特异性好、灵敏度高、重复性强,可以应用于各类RT-SHIV病毒的全长rt基因分析.