基于二阶马尔科夫模型预测可趋近性miRNA靶基因

• 作者: 刘丽云 刘文远 王宝文 王常武
• 来源期刊: 燕山大学学报
• 学科: 工学
• 关键词: miRNA 二阶马尔科夫模型 寡聚体 可趋近性 过表达水平
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 计算机科学与技术
• 页码范围: 334-338
• 分类号: TP301.6
• 字数: 4310字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-791X.2012.04.010

摘要

miRNA是一类重要的基因表达调节因子.准确预测miRNA的靶基因对研究miRNA的功能和作用机制至关重要.文中提出一种考虑靶位点可趋近性(accessibility)的miRNA靶基因预测算法.算法首先选择满足种子互补条件的“部分可趋近性”位点；然后用二阶马尔科夫模型计算与miRNA种子区互补的特定核苷酸片段(寡聚体)在3′UTR任意位置上出现的概率并统计“部分可趋近位点”上寡聚体出现的次数；采用过表达水平值评估一个或多个互补位点上至少出现一次寡聚体的概率；最后根据过表达水平值排序miRNA-3UTR对,并取排序的前N个miRNA-3′UTR对作为预测结果.在果蝇和人类数据集上测试的实验结果表明此算法具有较高的灵敏性和精确性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王常武	燕山大学信息科学与工程学院	32	175	6.0	12.0
2	刘文远	燕山大学信息科学与工程学院	154	739	14.0	19.0
3	王宝文	燕山大学信息科学与工程学院	54	237	8.0	12.0
4	刘丽云	燕山大学信息科学与工程学院	1	1	1.0	1.0