分子动力学研究抑制剂pDI6W与MDM2的相互作用机制

• 作者: 刘晓阳 刘进庆 张庆刚 梁志强 王伟 陈建中
• 来源期刊: 原子与分子物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 分子动力学 MM-PBSA 结合自由能 MDM2 相关矩阵
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 原子、分子结构与光谱
• 页码范围: 953-959
• 页数: 7页
• 分类号: Q641.12
• 字数: 4280字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-0364.2012.06.003

摘要

p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标.本文采用分子动力学模拟和MMPBSA(moleeular mechanics-Possion-Boltzmann surface area)方法计算了肽类抑制剂pDI6W与MDM2的结合自由能,结果证明范德华作用是pDI6W与MDM2结合的主要力量.相关矩阵的计算结果表明pDI6W的结合主要诱导了MDM2内部的反相关运动.基于成对残基的自由能分解计算不仅证明pDI6W的5个残基Phe19’,Trp22’,Trp23',Leu26’和Thr27’能够与MDM2产生较强的相互作用,而且确认了CH-π,CH-CH和π-π相互作用驱动了pDI6W在MDM2疏水裂缝中的结合.这为抗癌药物的设计提供了理论上的指导.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘晓阳	济南职业学院电子工程系	22	35	4.0	5.0
2	王伟	山东交通学院理学院	16	59	3.0	7.0
3	张庆刚	山东师范大学物理与电子科学学院	71	240	8.0	11.0
4	梁志强	山东交通学院理学院	20	50	3.0	5.0
5	陈建中	山东交通学院理学院	9	18	3.0	4.0
6	刘进庆	山东交通学院理学院	5	22	3.0	4.0