基因Ⅵb亚型半番鸭源新城疫病毒基因组测序及分析

• 作者: 吕殿红 吴玄光 孙敏华 尚毅 胡奇林 董嘉文 陈少莺 黄秋芳
• 来源期刊: 华南农业大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 新城疫病毒 Ⅵb亚型 基因组 序列测定 遗传分析
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 动物科学与兽医学
• 页码范围: 106-112
• 分类号: S855.3
• 字数: 4920字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-411X.2012.01.022

摘要

根据GenBank上发布的新城疫病毒基因组序列,设计了9对引物,对从福建福州地区发病半番鸭场分离的新城疫病毒FJ-SMD-03株进行了基因组cDNA扩增测序和分析.结果表明:FJ-SMD-03的基因组序列由15 192 nt组成,在NP基因非编码区比Lasota株多了6个核苷酸ACACTC；基因组由6个ORF组成,即3’-NP-P-M-F-HN-L-5’序列.BLAST结果显示:FJ-SMD-03基因组核苷酸与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008、pigeon/Italy/1166/00、AV324/96和dove/Italy/2736/00相似性最高,达94.9％～98.5％；与疫苗株Lasota、Mukteswar和B1的相似性最低,为80.7％～83.3％；与我国标准强毒株F48E8及2002年从福建番鸭中分离到的基因Ⅶd亚型强毒株Muscovy duck/China(Fujian)/FP1/02相似性较低,分别为82.5％和87.1％.F蛋白裂解位点的氨基酸序列为112 R-R-Q-K-R-F117,具有强毒株序列特征,进化树分析发现,FJ-SMD-03属于ClassⅡ类基因Ⅵb亚型,证明鸭群中有Ⅵb亚型NDV强毒株；FJ-SMD-03株NDV与1.3、carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00亲缘关系较近,与carrier-pigeon/Guangdong/2008形成一个小的进化分支,推测FJ-SMD-03株与carrier-pigeon/Guangdong/2008和pigeon/Italy/1166/00株来源于共同的祖代毒株,可能与鸽携带的病毒有关.