人重组S100A8蛋白适配体的筛选和结构分析

• 作者: 孟焕新 张欣 彭磊
• 来源期刊: 北京大学学报医学版
• 关键词: 钙粒蛋白A SELEX适体技术 适体,核苷
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 11-16
• 分类号: R349.8
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1671-167X.2012.01.003

摘要

目的:筛选人重组S100A8蛋白特异性的适配体.方法:采用配体指数级富集系统进化(systematic evolution of ligand by exponential enrichment,SELEX)技术,以人重组S100A8蛋白为靶蛋白,以微孔板为筛选介质,从体外合成的随机单链DNA文库中筛选其适配体.利用生物素-链霉亲和素-辣根过氧化物酶系统检测每轮单链DNA文库与靶蛋白的亲和力直至亲和力的上升趋于饱和,将最后一轮筛选产物克隆测序,并进行生物信息学分析.结果:经过11轮筛选,单链DNA文库与人重组S100A8蛋白的亲和力趋向稳定,将第11轮筛选产物克隆测序,对获得的30个适配体进行分析.一级结构分析显示30个适配体并无共同的保守序列,但有3对适配体序列完全一致.二级结构预测分析表明,茎环和口袋结构为主要的结构形式,提示其可能是适配体与人重组S100A8蛋白特异性结合的基础.根据茎环和口袋的相对比例可将30个适配体分为4组,其中第1组中35号适配体与人重组S100A8蛋白亲和力最高.结论:获得了与人重组S100A8蛋白特异性结合的适配体群,为后续适配体的应用研究以及S100A8蛋白功能的研究奠定了基础.