基于VHSE结构表征的TAP亲和活性预测及选择特异性分析

• 作者: 吕娟 张亚兰 梅虎 潘显超 王青 谢江安 谭文
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 抗原处理相关转运蛋白 抗原肽 氨基酸描述子VHSE 支持向量机 活性 选择特异性
• 年，卷（期）: 2012,（11）
• 所属期刊栏目: 物理化学
• 页码范围: 2556-2562
• 页数: 7页
• 分类号: O641
• 字数: 5532字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7503/cjcu20120056

摘要

应用氨基酸描述子VHSE(Principal component score vector of hydrophobic,steric,and electronic properties)对613个抗原9肽进行结构表征,在此基础上,采用支持向量机结合逐步回归变量筛选方法,成功建立了抗原肽抗原处理相关转运蛋白(Transporter associated with antigen processing,TAP)亲和活性预测模型,最优线性支持向量机模型的R2,Q2和R2ext分别为0.7386,0.7270和0.6057.模型结果分析表明,影响TAP亲和活性的首要因素是电性,其次是立体和疏水性质；底物9肽的P1(N端)及P2,P7和P9(C端)位氨基酸物化性质对TAP亲和活性有重要影响,而P3,P4,P5和P6位对模型贡献相对较小,P8位则与活性无关.依据最优模型对模拟点突变9肽的TAP亲和活性的预测结果,并结合变量载荷分析,对TAP底物选择特异性进行了分析和总结.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	梅虎	重庆大学生物流变科学与技术教育部重点实验室	38	299	8.0	15.0
5	吕娟	重庆大学生物工程学院	4	11	2.0	3.0
6	谢江安	重庆大学生物工程学院	3	7	2.0	2.0
7	潘显超	重庆大学生物流变科学与技术教育部重点实验室	6	12	2.0	3.0
8	张亚兰	重庆大学生物工程学院	6	12	2.0	3.0
9	王青	重庆大学生物工程学院	9	13	2.0	3.0
10	谭文	重庆大学生物工程学院	5	38	2.0	5.0