母猪初情期全基因组关联分析和位置候选基因研究

• 作者: 张志燕 李平华 李杰 杨斌 杨竹青 陈从英
• 来源期刊: 中国农业科学
• 关键词: 母猪初情期 全基因组关联分析 连锁和连锁不平衡分析 位置候选基因
• 年，卷（期）: 2012,（19）
• 所属期刊栏目: 畜牧·资源昆虫
• 页码范围: 4075-4083
• 语种: 中文
• DOI: 10.3864/j.issn.0578-1752.2012.19.020

摘要

[目的]分离影响母猪初情期的主效基因或分子标记.[方法]以白色杜洛克×二花脸资源群体F2代母猪为研究材料,利用Illumina猪60K SNP芯片分别对F0和F1及316头有初情期表型记录的F2代母猪进行基因型判定,通过单标记全基因组关联分析(GWAS)和连锁-连锁不平衡(LDLA)分析检测与母猪初情期显著关联的SNP位点或单倍型.采用标准关联分析、标记辅助关联分析和F值下降检验分析lin-28同源B基因(LIN28B)和跨膜蛋白38B基因(TMEM38B)3个SNP位点与母猪初情期的关联性.[结果]①与母猪初情期关联性最强的SNP为ASGA0032316,位于7号染色体(SSC7) 33.07 Mb处RAB23基因内含子中,同时在1、6、12、15和17号染色体也检测到与母猪初情期显著关联的SNP;②达基因组显著水平的单倍型均位于SSC7,其中关联性最强的单倍型位于SSC7的38.39-38.47 Mb处F1RVR7和ZFAND3基因之间的基因间隔区；③LIN28B和TMEM38B基因的3个SNP与母猪初情期均未达到显著相关(P＞0.05).[结论]在白色杜洛克×二花脸资源群体中,与母猪初情期关联性最强的SNP位点和单倍型均定位于7号染色体,1、6、12、15和17号染色体也定位到与母猪初情期显著关联的SNP,LIN28B和TMEM38B基因不是1号染色体QTL区间内的因果基因或需要搜寻更多的SNP进行分析验证.