应用下一代半导体靶向测序技术检测Marfan综合征致病突变

• 作者: 卢超霞 吴炜 孟岩 张学 张抒扬 肖继芳
• 来源期刊: 中华医学遗传学杂志
• 关键词: 下一代测序 Ion Torrent半导体测序仪 马凡综合征 FBN1基因
• 年，卷（期）: 2013,（3）
• 所属期刊栏目: 论著
• 页码范围: 301-304
• 页数: 4页
• 字数: 3158字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3760/cma.j.issn.1003-9406.2013.03.011

摘要

目的 应用Ion Torrent PGM半导体测序仪和Ion AmpliSeqTMInherited Disease Panel对3例马凡综合征(Marfan syndrome,MFS)进行致病基因突变检测,明确其致病突变,并评价下一代半导体靶向测序诊断复杂单基因遗传病的效果.方法 在知情同意的基础上采集3例MFS患者及1名正常志愿者外周血,提取基因组DNA,经多重PCR扩增富集目的基因片段.每个样本用特异性序列标签进行标记后,应用Ion One Touch系统进行模板制备、乳化PCR及磁珠颗粒富集；最后用318半导体测序芯片进行高通量测序.用Ion Torrent Suite 3.2软件进行序列比对及SNPs和Indels提取,再用dbSNP 137数据库过滤得到SNPs和indels,剩余的可疑突变经Sanger法测序验证.结果 用一张318芯片得到855.80Mb的总数据量,4个样本的平均测序深度均达到100×以上,对目的区域的覆盖度在98％以上.数据经软件分析及数据库过滤后,在3例MFS患者中分别得到3个FBN1基因可疑突变,并经Sanger法测序验证,一个为已报道FBN1基因错义突变(p.E1811K),另外两个为新发现的突变,包括一个无义突变(p.E2264X),1个插入突变(p.L871FfsX23).结论 在3例MFS患者中都成功检出FBN1基因致病突变,表明半导体靶向测序可对复杂单基因遗传病进行高效、准确的基因诊断.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张抒扬	中国医学科学院北京协和医院心内科及临床遗传学实验室	67	274	8.0	14.0
2	吴炜	中国医学科学院北京协和医院心内科及临床遗传学实验室	18	30	3.0	3.0