β发卡多肽Trpzip4折叠的副本交换分子动力学模拟

• 作者: 周健 廖晨伊
• 来源期刊: 化学学报
• 关键词: β发卡 折叠 副本交换分子动力学 氢键 疏水作用
• 年，卷（期）: 2013,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 593-601
• 语种: 中文
• DOI: 10.6023/A13010015

摘要

采用副本交换分子动力学对β发卡Trpzip4重折叠进行研究,结果表明,构象空间存在较大能垒时,副本交换分子动力学(REMD)表现出比分子动力学(MD)更优的抽洋效率.288K下,Trpzip4势能、骨架均方根偏差、溶剂可及表面积(SASA)在REMD中呈逐渐降低趋势.采样得到两和特定形态的低势能构象:β发卡和螺旋-卷曲.β发卡中,第3组氢键Asp46容易与Thr49形成氢键；转角Thr49的羟基(OH)倾向于与Asp46的羧基(coo)或主链上的C=O形成氢键,强化了Asp46与Thr49的相互作用,导致转角形成折回弯度；与Thr49相比,Thr51的羟基倾向与水分子作用,甲基朝内,因此与Asp46的侧链作用微小.螺旋-卷曲中,吲哚环-甲基为主要疏水形式.Trpzip4在折叠成β发卡过程中,转角氢键影响整个β发卡构象的形成.转角氢键具有距离优势和强侧链相互作用,最先形成.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周健	华南理工大学化学与化工学院广东省绿色化学产品技术重点实验室	29	154	7.0	11.0
2	廖晨伊	华南理工大学化学与化工学院广东省绿色化学产品技术重点实验室	3	7	1.0	2.0