ABEEMσπ和OPLS-AA力场对蛋白质GA88/GB88的分子动力学模拟

• 作者: 刘翠 杨忠志 王晶晶
• 来源期刊: 高等学校化学学报
• 学科: 化学
• 关键词: 原子与键电负性均衡方法/分子力场 OPLS-AA固定电荷力场 GA88/GB88蛋白 分子动力学模拟 动力学性质
• 年，卷（期）: 2013,（1）
• 所属期刊栏目: 物理化学
• 页码范围: 142-148
• 页数: 7页
• 分类号: O641
• 字数: 4989字
• 语种: 中文
• DOI: 10.7503/cjcu20120359

摘要

将原子与键电负性均衡方法融入分子力学方法,即利用ABEEMσ-π浮动电荷力场与ABEEM-7P水模型相结合的方法及OPLS-AA固定电荷力场方法,对GA88和GB88蛋白进行了水溶液(温度295 K)和真空中的分子动力学模拟.比较两种方法得到的两个蛋白质的结构与实验结构的均方根偏差,分析了两种方法得到的两个蛋白质的回旋半径、氢键分布、径向分布及电荷分布情况.结果表明,ABEEMσ-π-和OPLS-AA力场均能正确模拟蛋白质结构,得到的各项偏差值接近,但从各偏差的波动大小可见,ABEEMσπ力场的模拟更稳定；回旋半径模拟很好地体现了蛋白质的“电致紧缩”现象；氢键分布、径向分布及电荷分布表明,与OPLS-AA固定电荷力场相比,ABEEMσπ浮动电荷力场能更好地体现蛋白质和周围水分子的极化效应.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	杨忠志	辽宁师范大学化学化工学院	148	620	12.0	15.0
2	王晶晶	辽宁师范大学化学化工学院	18	36	4.0	5.0
3	刘翠	辽宁师范大学化学化工学院	27	84	5.0	7.0