分子动力学模拟尿素对水溶液中蛋白质构象转变的影响

• 作者: 刘铮 卢滇楠 张麟
• 来源期刊: 生物加工过程
• 学科: 化学
• 关键词: S-肽链 分子动力学模拟 尿素 氢键 蛋白质稳定化 蛋白质折叠
• 年，卷（期）: 2006,（3）
• 所属期刊栏目: 研究与开发
• 页码范围: 38-43
• 页数: 6页
• 分类号: O629.73|TQ936-21
• 字数: 3398字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-3678.2006.03.007

摘要

采用分子动力学方法和全原子模型研究尿素和水分子对模型蛋白S-肽链结构转化的影响.模拟结果显示S-肽链的变性速率常数k值随着尿素浓度的增加而先降低后升高,在尿素浓度为2.9 mol/L时达到最低值.模拟了不同尿素浓度下尿素-肽链、水-肽链以及肽链分子氢键的形成状况.结果表明:尿素浓度较低时,尿素分子与S-肽链的极性氨基酸侧链形成氢键,但不破坏其分子内的骨架氢键,尿素在S-肽链水化层外形成限制性空间,增强了S-肽链的稳定性.随着尿素的升高,尿素分子进入S-肽链内部并与其内部氨基酸残基形成氢键,导致S-肽链的骨架氢键丧失,S-肽链发生去折叠.上述模拟结果与文献报道的实验结果一致,从分子水平上揭示了尿素对蛋白质分子结构变化的影响机制,对于研究和发展蛋白质折叠及稳定化技术具有指导意义.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘铮	清华大学化学工程系	101	2012	24.0	42.0
2	卢滇楠	清华大学化学工程系	31	578	10.0	23.0
3	张麟	清华大学化学工程系	3	18	2.0	3.0