牦牛CART基因克隆、单核苷酸多态性检测及生物信息学分析

• 作者: 刘建 刘文博 吴晓云 梁春年 阎萍
• 来源期刊: 畜牧兽医学报
• 学科: 农学
• 关键词: 牦牛 CART基因 克隆 多态性 RNA二级结构
• 年，卷（期）: 2013,（8）
• 所属期刊栏目: 遗传繁育
• 页码范围: 1219-1228
• 页数: 10页
• 分类号: S813.3
• 字数: 4707字
• 语种: 中文
• DOI: 10.11843/j.issn.0366-6964.2013.08.007

摘要

旨在克隆牦牛可卡因-苯丙胺调节转录肽基因(Cocaine-and amphetamine-regulated transcript,CART),获得基因全长序列并分析基因结构和相关遗传变异,检测单核苷酸多态性(SNP)位点在不同品种牦牛群体中的分布,通过生物信息学相关方法分析预测SNP位点对CART基因表达的影响,为牦牛CART基因功能研究奠定基础.以243头大通牦牛、208头天祝牦牛、208头甘南牦牛和53头帕里牦牛血样为材料,提取基因组DNA,克隆出牦牛CART基因全长序列;运用高分辨率熔解曲线分析技术(High-resolution melting,HRM)检测CART基因4个SNPs在4个牦牛品种中的分布,进行遗传统计分析,并应用生物信息学分析SNPs可能对基因功能产生的影响.本研究发现,牦牛CART基因4个SNPs,1个位于基因上游序列、1个位于内含子、2个位于3'-UTR.x2检验表明,除大通牦牛V-221位点和甘南牦牛V1816位点外,其他所有群体各个位点都处于哈代-温伯格平衡(P＞0.05).群体遗传学分析显示,V168和V1816位点属于中度多态,V-221和V1791属于低度多态,单倍型C属于优势单倍型.生物信息分析发现,V1791和V1816位点碱基变化导致RNA二级结构发生变化,可能会对CART基因的表达产生影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	阎萍	中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所	114	620	14.0	21.0
3	梁春年	中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所	70	417	11.0	18.0
4	刘建	中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所	12	179	5.0	12.0
6	吴晓云	中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所	12	170	4.0	12.0
10	刘文博	中国农业科学院兰州畜牧与兽药研究所	5	29	3.0	5.0