赤水乌骨鸡TYR基因多态性及生物信息学分析

• 作者: 刘洋 张福平 李洪林 李维 林家栋 牟腾慧 祖盘玉 简华峰 龙广丽
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 赤水乌骨鸡 泰和乌鸡 TYR基因 SNP位点 生物信息学
• 年，卷（期）: 2019,（12）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 2806-2811
• 页数: 6页
• 分类号: S831.89
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2019.12.24

摘要

[目的]找出赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的多态位点(SNP),为后期利用分子遗传学技术选育乌度更深的赤水乌骨鸡提供参考依据.[方法]采用DNA混池结合PCR产物直接测序法,分析赤水乌骨鸡和泰和乌鸡TYR基因外显子的SNP位点,并对筛选出的SNP位点进行生物信息学分析.[结果]在泰和乌鸡中发现4个SNPs位点,分别为Exonl-C829T、Exon1-C921T、Intron 1-A 1018G和Intron2-T79A,其中,Exon1-C829T和Exon1-C921T为同义突变;在赤水乌骨鸡中发现5个SNPs位点,分别为Intron1-G156A、Intron2-T7C、Intron4-G201A、Intron4-C221T和Exon5-A205G(非编码区).利用在线生物信息学分析软件对TYR基因突变前后编码区序列的mRNA二级结构进行预测分析,结果发现赤水乌骨鸡的mRNA二级结构未发生变化,而泰和乌鸡Exon1-C829T和Exon1-C921T的突变均引起mRNA二级结构改变,使得TYR基因mRNA二级结构最小自由能减小,即二级结构稳定性增加.赤水乌骨鸡TYR蛋白二级结构由α-螺旋、无规则卷曲、β-转角及扩展链组成,分别占26.65％、55.31％、3.41％和14.63％.[结论]Exon1-C921T突变可能会对鸡的肉色产生影响,故推测Exon1-C921T是影响赤水乌骨鸡和泰和乌鸡乌度差异的原因之一.