赤水乌骨鸡CHRDL1基因多态性与 肤色性状的关联分析

• 作者: 张小玉 李辉 叶涛 余欢 肖涛 罗韦 陈友波 石钰仕 赵德鹏
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 赤水乌骨鸡 CHRDL1基因 肤色 黑色素 多态性
• 年，卷（期）: 2024,（5）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产·蚕桑
• 页码范围: 263-272
• 页数: 10页
• 语种: 中文

摘要

【目的】分析赤水乌骨鸡腱蛋白样蛋白1基因(CHRDL1)多态性与肤色性状的关联性，筛选出CHRDL1基因调控赤水乌骨鸡肤色的关键SNP位点，为揭示乌骨鸡黑色素沉积调控机理及推进赤水乌骨鸡肤色性状改良提供理论依据。【方法】以赤水乌骨鸡为研究对象，通过测定赤水乌骨鸡CHRDL1基因外显子序列筛选出SNP位点，采用ProtParam、TargetP、PSORT II、NetPhos 2.0、TMHMM、SMART及STRING等在线软件进行生物信息学分析，并对CHRDL1基因多态性与赤水乌骨鸡肤色性状进行关联分析。【结果】在赤水乌骨鸡CHRDL1基因第2、4和5外显子上发现3个SNPs位点，分别是g.2752T→C(无义突变)、g.8459G→T(Ser→ILe)和g.27148T→C(无义突变)，属于中度多态性(0.25<PIC≤0.50)，均处于Hardy-Weinberg平衡状态(PHWE>0.05),g.8459G→T和g.27148T→C位点表现出弱连锁不平衡。赤水乌骨鸡CHRDL1蛋白理论等电点(pI)为8.17，属于疏水性不稳定蛋白，具有磷酸化位点和糖基化位点；主要定位于细胞外(占44.4%)、细胞核(占22.2%)和线粒体(占22.2%)；不存在跨膜结构，但有3个保守的血管性血友病C型重复序列(VWC结构域)；跨膜结构、功能结构域及其互作蛋白在突变前后均无变化。关联分析结果表明，除了g.2752T→C位点TT基因型个体的ΔL显著高于CC基因型和CT基因型个体(P<0.05，下同)，g.8459G→T位点TT基因型个体的ΔL显著高于GG基因型和GT基因型个体外，其余SNP位点不同基因型个体间的胸部肤色参数差异均不显著(P>0.05)。【结论】在赤水乌骨鸡CHRDL1基因第2、4和5外显子检测到3个SNPs位点，分别是g.2752T→C、g.8459G→T和g.27148T→C，其中g.2752T→C和g.8459G→T位点表现出肤色差异性，可能是赤水乌骨鸡肤色性状的标记位点。