赤水乌骨鸡MC1R基因多态性及其生物信息学分析

• 作者: 刘洋 张福平 李洪林 李维 林家栋 牟腾慧 祖盘玉 简华峰 龙广丽
• 来源期刊: 湖南农业大学学报（自然科学版）
• 学科: 农学
• 关键词: 赤水乌骨鸡 泰和乌鸡 兴义白鸡 兴义白鸡F2代 贵州黄快羽鸡 贵州黄慢羽鸡 罗曼蛋鸡 瑶山鸡 MC1R基因 SNPs 羽色 胫色 生物信息学分析
• 年，卷（期）: 2020,（1）
• 所属期刊栏目: 畜牧·兽医·水产
• 页码范围: 84-92
• 页数: 9页
• 分类号: S831.2
• 字数: 6179字
• 语种: 中文

摘要

采用DNA混池及PCR产物直接测序技术,对赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代、贵州黄快羽鸡、贵州黄慢羽鸡、罗曼蛋鸡和瑶山鸡8个鸡种群MC1R基因外显子区域进行多态性分析.结果显示:瑶山鸡与红色原鸡序列一致,无SNPs,赤水乌骨鸡的4个SNPs分别为G23A(Arg→His)、C69T、T212C、G274A,泰和乌鸡的8个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、T398C(Leu→Pro)、G636A、T637C、A644C(His→Pro)、C834T,贵州黄快、慢羽鸡和兴义白鸡均有3个SNPs,分别为A427G(Thr→Ala)、G636A、T637C,罗曼蛋鸡的4个SNPs分别为T398A(Leu→Gln)、G636A、T637C、C834T,兴义白鸡F2代的4个SNPs分别为C69T、T212C、G274A、A644C(His→Thr);生物信息学分析发现,除G274A、T398C、T398A、A644C位点的稳定性增加外,其余位点的稳定性均有所降低;除G274A、T398C、T637C、A644C位点的整体多样性有所下降外,其余位点的均有所增加;除泰和乌鸡MC1R基因编码蛋白为不稳定蛋白外,其余种群的均属于稳定蛋白,且包括泰和乌鸡在内的7个鸡群MC1R基因编码蛋白均为疏水性蛋白和非分泌蛋白;赤水乌骨鸡、泰和乌鸡、兴义白鸡、兴义白鸡F2代和罗曼蛋鸡的MC1R蛋白三级结构均由α-螺旋、β-转角、无规则卷曲组成.