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谷子AMT基因家族的鉴定及生物信息学分析
谷子AMT基因家族的鉴定及生物信息学分析
作者:
叶玲
张洁
杨致荣
赵雄伟
郭永正
原文服务方:
山西农业科学
谷子
铵盐转运蛋白
基因结构
表达模式
摘要:
铵态氮转运蛋白(AMT)是一种高亲和性的转运蛋白,对植物的生长和发育有着重要的调节作用.谷子作为耐贫瘠作物,鉴定谷子AMT基因家族成员及对其进行生物信息学分析,将为研究谷子AMT基因家族的分子功能奠定一定的基础.根据已经报道的拟南芥和水稻AMT基因,运用生物信息学方法在谷子xiaomi基因组上鉴定了谷子AMT基因家族成员,并分析其在染色体上的分布、理化性质和基因结构,同时基于不同组织中的基因表达量,构建谷子AMT基因的表达模式.结果表明,在谷子xiaomi基因组中共鉴定到9个AMT基因家族成员,分为4个亚族,均由α-螺旋、β-折叠、扩展链以及无规则卷曲4种形式组成;不同SiAMT基因家族间的等电点、亲水性、相对分子质量等理化性质存在差异.motif分析结果表明,SiAMT蛋白均含有motif 8、motif 6、motif 5;此外,Si1g19720.1、Si1g24430.1、Si5g39610.1、Si7g17570.1基因的启动子区检测到与植物生长发育、光照、激素、胁迫响应有关的顺式作用元件.表达谱分析结果发现,Si7g17570.1、Si3g20620.1、Si9g02830.1基因具有明显的组织表达特异性.研究结果可为深入探讨该基因家族的功能机制与表达调控提供一定的参考信息.
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转录因子
生物信息学
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文献信息
篇名
谷子AMT基因家族的鉴定及生物信息学分析
来源期刊
山西农业科学
学科
关键词
谷子
铵盐转运蛋白
基因结构
表达模式
年,卷(期)
2020,(3)
所属期刊栏目
生物技术
研究方向
页码范围
277-282,290
页数
7页
分类号
S515
字数
语种
中文
DOI
10.3969/j.issn.1002-2481.2020.03.01
五维指标
作者信息
序号
姓名
单位
发文数
被引次数
H指数
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1
杨致荣
山西农业大学文理学院
27
636
5.0
25.0
2
张洁
山西农业大学文理学院
16
51
4.0
7.0
3
赵雄伟
山西农业大学生命科学学院
5
0
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0.0
4
叶玲
山西农业大学生命科学学院
2
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郭永正
山西农业大学文理学院
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谷子
铵盐转运蛋白
基因结构
表达模式
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
山西农业科学
主办单位:
山西省农业科学院
出版周期:
月刊
ISSN:
1002-2481
CN:
14-1113/S
开本:
大16开
出版地:
邮发代号:
创刊时间:
1961-01-01
语种:
chi
出版文献量(篇)
7094
总下载数(次)
0
总被引数(次)
37802
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