谷子TCP转录因子家族成员鉴定与生物信息学分析

• 作者: 王亚洁 白永宏 赵赞延 陈国梁 魏雄博
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 谷子(Setaria italic L.) TCP 转录因子 生物信息学 组织表达 系统发育进化
• 年，卷（期）: 2020,（6）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 1300-1307
• 页数: 8页
• 分类号: S515
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2020.06.008

摘要

[目的]鉴定谷子TCP转录因子家族成员,并进行生物信息学及组织表达特性分析,为探究谷子TCP转录因子在植物生长发育、激素信号途径和生物胁迫中的生物学功能提供理论依据.[方法]通过HMMER构建隐马尔可夫模型,在谷子蛋白数据库中搜索含有TCP特征性结构域的TCP蛋白,对其理化性质、保守基序和系统发育进化进行分析,并对其基因结构、启动子顺式作用元件及组织表达特性进行分析.[结果]从谷子蛋白数据库中共鉴定出23个TCP转录因子(编号SiTCP1～SiTCP23),氨基酸数量为95～451个,分子量为9743.9～46502.6 Da,理论等电点(pI)为4.2682～11.8710,其编码基因在9条染色体上呈不均匀方式分布.23个谷子TCP蛋白被分为3个亚族,其中GroupⅠ和GroupⅢ中各有10个TCP蛋白,GroupⅡ有3个TCP蛋白.谷子TCP蛋白保守基序的组成存在一定差异,但亲缘关系较近的蛋白具有相同的保守基序,部分谷子TCP蛋白含有特殊的基序;除SiTCP5、SiTCP20、SiTCP18和SiTCP22外,其余TCP蛋白均含有保守Motif 1和Motif 2.除SiTCP1、SiTCP6和SiTCP14基因仅包含1个内含子外,其余TCP基因均无内含子,且亲缘关系较近的基因具有相似结构.谷子TCP基因的启动子含有光应答元件、激素响应元件、应激响应元件及分生组织表达应答元件等.谷子TCP基因在不同组织中具有特异性,且大部分TCP基因在穗状花序和茎中高效表达.[结论]同亚族的谷子TCP转录因子家族成员具有相似的保守基序和基因结构,推测其在激素信号途径、应答非生物胁迫(干旱和低温)及生长发育中发挥重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈国梁	延安大学生命科学学院	81	440	11.0	18.0
5	赵赞延	延安大学生命科学学院	5	0	0.0	0.0
6	白永宏	延安职业技术学院农林与建筑工程系	11	16	2.0	4.0
7	王亚洁	延安大学生命科学学院	3	0	0.0	0.0
8	魏雄博	延安大学生命科学学院	1	0	0.0	0.0