杨树TLP基因家族的生物信息学分析

• 作者: 孙伟博 诸葛强 马晓星
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 杨树 类甜蛋白(TLP) 生物信息学 系统发育进化 结构域 功能预测
• 年，卷（期）: 2018,（7）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 1265-1272
• 页数: 8页
• 分类号: S792.11
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2018.07.02

摘要

[目的]分析预测杨树类甜蛋白(TLP)基因家族功能,为杨树TLP蛋白的差别研究、功能基因发掘及遗传性状改良提供理论依据.[方法]从Phytozome数据库搜索杨树TLP基因家族序列,并依据Pfam数据库进行筛选鉴定,利用生物信息学方法对其编码的蛋白氨基酸序列进行预测分析.[结果]从Phytozome数据库中筛选获得50个TLP基因家族序列,其编码的蛋白分子量10.19～74.09 kD,氨基酸数量98～672个,等电点(pI)4.15～9.12,大部分为亲水性蛋白和不稳定性蛋白,在细胞内外均有分布,并具有thaumatin蛋白家族的保守结构域,其中42个成员能形成与抑菌有关的酸性侧翼区域,且大多数成员具有FF motif结构和5个保守的REDDD氨基酸残基,但少数氨基酸残基发生改变.50个杨树TLP基因家族成员可分为4个进化组,各进化组成员的蛋白理化特性和亚细胞定位不完全一致,且功能域结构和motif结构也具有多样性,各进化组成员间差异与进化程度总体上呈正相关.根据motif结构和功能域结构可将所有成员分别分为7组和4组,但分组结果与系统发育进化结果并不完全一致.[结论]杨树TLP蛋白家族成员存在序列保守性和进化性,特异表达呈多样性,具有抗菌活性,但作用机制存在差异.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	诸葛强	南京林业大学生物与环境学院	58	1316	20.0	35.0
2	孙伟博	南京林业大学生物与环境学院	17	54	4.0	7.0
3	马晓星	南京林业大学生物与环境学院	3	0	0.0	0.0