铁皮石斛热激转录因子(Hsf)基因家族鉴定及生物信息学分析

• 作者: 刘潮 张维维 李发 邓发虎 阮子恒 韩利红
• 来源期刊: 南方农业学报
• 关键词: 铁皮石斛 热激转录因子(Hsf) 基因家族 系统发育进化树 胁迫 顺式作用元件
• 年，卷（期）: 2019,（4）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子生物学
• 页码范围: 677-684
• 页数: 8页
• 分类号: S567.239
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2019.04.01

摘要

[目的]鉴定铁皮石斛热激转录因子(Hsf)基因家族成员,并进行生物信息学分析,为深入研究该家族在铁皮石斛热应激响应中的调控机制提供理论参考.[方法]以拟南芥和水稻Hsf蛋白氨基酸序列为参考序列,在铁皮石斛蛋白数据中搜索其同源蛋白序列,利用SMART和Pfam数据库鉴定出其Hsf基因家族成员.利用生物信息学方法对铁皮石斛Hsf基因家族组成、基因结构、启动子区顺式作用元件及其编码蛋白结构域和进化关系等进行分析.[结果]共鉴定获得23个铁皮石斛Hsf基因家族成员,编码氨基酸数量为132～514个,平均343个,多数属于酸性蛋白和亲水性蛋白,可分为HsfA、HsfB和HsfC组,其中HsfA组成员13个、HsfB组成员9个、HsfC组成员1个.除DoHsfA3仅包含motif 1和motif 2外,其他HsfA组蛋白均含有motif 1～motif 5,HsfB和HsfC组蛋白均缺少motif 5.铁皮石斛Hsf蛋白缺少A9、B3、B5和C1亚类成员,与同属于单子叶兰科植物的小兰屿蝴蝶兰Hsf蛋白亲缘关系最近.HsfA组成员包含完整的HSF功能域和卷曲螺旋(CC)功能域,HsfB和HsfC组成员缺少或含不完整的CC功能域.DoHsfA1A蛋白具有保守的丝氨酸—苯丙氨酸—缬氨酸—精氨酸—谷氨酰胺序列.铁皮石斛Hsf基因启动子区含有大量激素响应、胁迫响应和生长相关元件.[结论]铁皮石斛Hsf基因家族成员进化较保守,其生物学功能存在明显物种特异性,进化关系较复杂,推测其在不同的非生物胁迫和植物激素信号途径中发挥潜在"节点"作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	韩利红	曲靖师范学院生物资源与食品工程学院	30	60	5.0	6.0
2	刘潮	曲靖师范学院云南高原生物资源保护与利用研究中心	34	91	6.0	8.0
3	张维维	曲靖师范学院生物资源与食品工程学院	1	1	1.0	1.0
4	李发	曲靖师范学院生物资源与食品工程学院	1	1	1.0	1.0
5	邓发虎	曲靖师范学院生物资源与食品工程学院	1	1	1.0	1.0
6	阮子恒	曲靖师范学院生物资源与食品工程学院	1	1	1.0	1.0